主要控制空氣塵埃微粒對工作對象的污染，亦稱無塵室或無塵車間。工業潔凈室適用于電子（半導體、集成電路等）、航空航天、精細機械、精密儀器、高純度化學、原子能、光磁產品、液晶玻璃等行業。

主要控制空氣中懸浮微生物（細菌與微生物）污染。分為生物潔凈室與生物學安全潔凈室。生物潔凈室適用于制藥工業、手術室、無菌病房、食品生產、化妝品生產、動物實驗室、理化檢驗室和血站等。生物學安全潔凈室內部須保持負壓，適用于傳染性病源實驗室、基因和疫苗等生物工程領域。